A történet onnan folytatódik, ahol a sorozat abbamaradt. SEELE nem hagyja annyiba a NERV sikereit. Támadást indít a központ ellen. Nem bízzák a véletlenre, ugyanis minden egységüket a központra küldik. Shinji megtörve elbújuk a NERV központban a többiek elől. Miután a katonák bejutnak a létesítménybe, kíméletlenül elintéznek mindenkit, akik az útjukba állnak. A feladatuk a három pilóta likvidálása (Shinji, Rei, Asuka). Misato Shinji keresésére indul, de a SEELE beveti a titkos fegyverét, az UNIT 05-ket. Ezek a gépek már pilóták nélkül működnek. Asuka az EVA 02-vel felveszi a harcot ellenük. A feszültség egyre fokozódik, amikor is a harc közepette valami megváltozik. Valami, amit eddig soha nem éreztek. Vajon Shinji-t idejében megtalálja Misato és sikerül-e a NERV-nek visszaverni a támadást? De az egyszer biztos, a döntés ismét Shinji kezébe kerül! Hogy Shinji hogyan dönt? Csak az tudja meg, aki végignézi ezt a fantasztikus hangulatú mozit.